倭寇侵朝前两月，宁夏致仕副总兵、蒙古族人哱拜也起兵造反，气势颇为猖獗。同时面对东、西两场战争，明朝政府应当将主要注意力放在哪一方面？朝廷内部对此意见不一，缺乏共识。因万历帝此时非常担忧宁夏战事，故王锡爵在赴京途中，即发书告知皇帝和内阁，称哱拜之乱不足为虑，倭寇实为劲敌，应将明军主力开赴朝鲜战场。后来战争形势的发展，果如王锡爵所料，哱拜之乱不久即被平定，而抗倭战争前后持续了七年。

　　王锡爵回京莅任后，多次发书给在朝鲜的明军统帅宋应昌、主将李如松等高级将领，指授机宜，恳加申诫，要求他们扼险居要，捕捉战机，歼灭敌人，但不可轻敌，不可硬拼，务期全胜；同时，告诫他们要整顿军纪，不可欺侮朝人，更不可滥杀日军俘虏。

　　在明军的强有力打击下，日本侵略军败退到朝鲜半岛东南沿海一带。明军收复包括平壤、汉城在内的朝鲜主要城市和绝大多数国土，使朝鲜李氏王朝存亡继绝，起死回生。经中、朝与日本两方谈判，日军同意撤出朝鲜。为了防止日军卷土重来，王锡爵支持采纳宋应昌所提出的关于明军留驻朝鲜，并在朝鲜屯田、开矿，以解决入朝明军每年庞大的军费、军粮供给问题的方案。由于朝鲜方面对这个方案持保留意见以及明朝自身的边患防卫需要，和国内中原一带发生严重的水灾，财政极为困难，明军被迫撤回国内。

　　王锡爵辞相归隐后，仍密切关注着朝鲜局势的后续发展。万历二十四年（1596年）七月，万历帝向国内各地派出矿税太监，四处横征暴敛，造成民间扰动不安。王锡爵当时便指出倭寇可能趁此机会，再度发动侵朝战争。果不其然，当年九月，丰臣秀吉再次出兵朝鲜。

　　王锡爵在内阁次辅、首辅任上，非常关心普通民众的生计冷暖，尽量为他们减轻压在身上的沉重经济负担。王锡爵曾一再上疏万历帝，劝谏皇帝不要催钱催粮，聚敛财富；又说：“上供一分，民费三倍；民出数金，害及数家 ”，恳求皇帝深体民生之艰难，多施行一些恩惠泽民的德政。

　　王锡爵身为吴人，出于身份回避的考虑，他一般不为家乡江南地区谋求特殊照顾。但是，每当家乡一带，如太仓、嘉定、上海、苏州等地发生较大的自然灾荒，他又必当上疏朝廷和皇帝，恳求宽免钱粮，桑梓赖以更生。从王锡爵的《文集》中可以看到，在万历十六年（1588年）、二十一年（1593年）、三十六年(1608年)等年份中，王锡爵都曾递交过请求减免江南钱粮的奏疏和公牍。王锡爵还在公文中特别指出，自明初以来江南赋税甲于天下，人民负担最重，平常年份尚可勉强应付，而一旦遇有天灾人祸，百姓则穷困交迫，难以为生，祈请朝廷“别求理财足用之术，不必尽仰江南”。万历三十六年，江南一带发生大水灾，王锡爵因此致书三位内阁大学士及户部尚书，为遭受严重水灾的家乡太仓一带恳求减免税赋，云：“敝乡（指太仓及周边府县）积雨连月，大浸稽天，不佞日耳号痛之声，日睹颠连之状，身虽在野，不忍坐视”；“敝乡故称水国……总不若今年之甚也。草野病人，虽一步不能出门，而穷民恸哭鼓噪之声，日彻于耳，不得不据实上闻，以祈哀恤……乃朦瞽愚计独以为救灾而不及救乱，议赈而不及议蠲，议蠲而止宽积逋，不及现征，恐元元喘喘之命终无全理。……目前桑梓嗷嗷大乱，则又不得不先徇所私，告哀门下，伏乞酌量边腹之重轻、军民之缓急，别求理财足用之术，不必尽仰江南”。

　　王锡爵还曾经认真负责地亲自领导过万历二十一年的中原特大水灾的赈灾工作，挽救回成千上万的灾民性命。万历二十一年（1593年）五月，河南大部、苏北、鲁南连旬大雨，洪水泛滥，造成当地粮食绝收，庐舍荡然。至该年年底和第二年上半年，灾区出现大范围的饥馑状况，大批灾民因饥病死亡。王锡爵为此忧心如焚，他连上数疏，请求蠲免当地原应缴纳的赋税，并筹措了数额巨大的赈灾钱粮派发灾区。此外，王锡爵还带头率百官捐献数月官俸赈灾，并恳请皇帝、太后、皇后及后宫尽力捐款，以缓解赈灾经费不足之困。据钦差赈灾官员钟化民《救荒图说》的统计，该次受赈济灾民人数达到4746万人之多。由于王锡爵对赈灾的强烈呼吁和积极有效领导，终于使河南、苏北、鲁南灾区最终幸运地度过这次劫难，挽救回灾民性命以数百万计。