徐谦等鼓动所致，下令通缉徐谦、李大钊、李石曾易培基顾孟余五人。朱家骅蒋梦麟鲁迅等几十人也上了黑名单。徐谦等乃避入苏联使馆。李大钊、鲁迅等人被迫转移，国共两党领导机关则迁入苏联使馆。这就伏下后来张氏父子查抄苏联使馆契机。

　　全国舆论沸腾。3月19日，各地舆论纷纷谴责国务院门口屠杀。3月20日，北京政府自知理屈，国务总理贾德耀引咎辞职。执政段祺瑞亦明令抚恤死者，医治伤者。同日，中共中央发表《为段祺瑞屠杀人民告全国民众书》，号召“全国商人、学生、工人、农民、兵士，应急起联合起来，不分党派，一致奋斗，发动一个比‘五卅’运动更伟大的运动，以雪最后通牒之耻”。3月23日，北京各界人士、各社会团体、各学校齐聚北京大学大操场，为亡灵们举行“三一八死难烈士追悼大会”。鲁迅题写挽联：“死了倒也罢了，活着又怎么做。”后又就此惨案连续写了七篇檄文。由刘半农作词、赵元任谱曲的哀歌唱遍京城。

　　强大民意压力迫使段祺瑞政府召集非常会议，通过了屠杀首犯“应听候国民处分”的决议；京师地方检察厅对惨案进行了调查取证并正式认定：“此次集会请愿宗旨尚属正当，又无不正侵害之行为，而卫队官兵遽行枪毙死伤多人，实有触犯刑律第311条之重大嫌疑。”

　　1926年4月9日，鹿钟麟率国民军以段祺瑞暗通奉系为罪名包围国务院，段祺瑞逃入东交民巷法国使馆，执政府倒台。4月17日奉军占领北京。奉军进京后查封《京报》馆和一批报刊，邵飘萍于4月26日清晨被秘密处决。张学良逮捕了员郭隆真，然后派奉军闯进北大、女师大、中俄大学等，大肆查刊，搜捕反对人士。

　　“兽性”的“惊人惨案”。鲁迅称这一天为“民国以来最黑暗的一天”。中国知识分子和媒体表现出前所未有的社会良知，周作人林语堂朱自清、蒋梦麟、王世杰、闻一多梁启超、许士廉、高一涵杨振声凌叔华等纷纷谴责段祺瑞政府。《语丝》、《国民新报》、《世界日报》、《清华周刊》、《晨报》、《现代评论》等加入谴责暴行的行列。邵飘萍主持的《京报》，大篇幅地连续发表消息和评论，广泛而深入地报导惨案真相，《京报副刊》也发表了有关文章。

　　“三一八”惨案后，举国震惊。中国知识阶层无论其政治观点与学术观点有怎样的不同，均纷纷痛斥执政府和“执政”段祺瑞的行为为“倒行逆施”、“暴行”，“是政府自弃于人民矣”，“是民国历史上黑暗的一页”，学人如蒋梦麟、傅斯年、周作人、林语堂、朱自清、闻一多、王世杰、许士廉、高一涵、杨振声、凌叔华、邵飘萍、陶孟和等，均有文字见诸报端；梁启超刚刚动完手术，缠绵病榻之中，犹不忘口诛笔伐；刘半农与赵元任再一次词曲璧合，哀声凄楚，传唱京城；鲁迅则有《记念刘和珍君》等文，尤为悲天悯人……民意不可违。为此，傅国涌先生称：“这个时代的知识分子即使和俄罗斯最优秀的知识分子们相比也并不逊色，在他们身上我们看到了知识分子最可贵的那些品质，他们是民族的脊梁，是我们心中永远不倒的长城，是‘真的猛士’。”

　　对于该惨案，《申报》给予了充分报道，1926.03.20《申报》4版《本馆要电》：3月18日，北京群众五千余人，由李大钊主持，在集会抗议，要求拒绝八国通牒。当学生游 行队伍到北京铁狮子胡同执政府和国务院门前请愿时，执政府卫 队在不加任何警告的情况下，向请愿队伍实弹射击，顿时血肉横飞，段祺瑞政府竟下令开枪，当场打死47人，200余人受伤。北京 昨各界调查、为卫队击死者、男屍有姓氏十九名、黄日葵、宋昭世、时长福、陈桂生、王庆馀、赵从愚……

　　1926.03.22《申报》13版《各界对北京血案之愤激》：本埠各团体对北京血案极为愤激、昨日各校学生有出校演讲者、惟态度和平、尚无风潮、兹将各种情形、分志如下...

　　“学总会请愿二商会 全国学生总会……请愿对北京流血案，一致合作，其函云，段政府媚外残民，惨杀爱国同胞，都门之下，死伤山积。各界援助北京惨案。1926年03月23日 申报13版